荒漠化中心积极开展国际合作，通过多种形式增强与国际机构和国外知名研究机构的交流与合作，用科技打通国家壁垒，推进切实可行的双边合作。目前合作单位已覆盖了欧洲（英国、德国）、北美洲（美国、加拿大）、南美洲（阿根廷、智利）、澳洲（澳大利亚、新西兰）、非洲（埃及、贝宁）、亚洲（伊朗、以色列、日本、韩国、蒙古、哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦）等，其中与许多机构和非政府组织签署了合作谅解备忘录，为开展合作交流、人才培养、共建科研平台等提供了良好基础。
荒漠化中心目前有11人次在国际机构和国际期刊中担任职务，1人曾受科技部委派赴驻德大使馆任职。承担有国家重点研发计划政府间科技合作创新计划项目和国家自然科学基金国际合作项目，高端外国专家引进计划以及外资国合项目，取得了一系列研究成果，为开展荒漠化防治国际合作奠定了基础。
